Este não é realmente um problema mas, na verdade, um comportamento esperado para youtube-dl .
Por padrão, a versão atual youtube-dl fará o download do áudio da mais alta qualidade e dos fluxos de vídeo de mais alta qualidade disponíveis e, em seguida, unirá esses fluxos em um contêiner compatível. As escolhas atuais do container são mkv, mp4, ogg, webm, flv. (Eu noto que o avi também é suportado através da opção --recode-video .)
Se esses "melhores" fluxos forem codecs que não se encaixam bem em um contêiner mp4, por exemplo, youtube-dl os compactará em um contêiner mkv e emitirá o aviso que você viu. Lembre-se vlc, SMPlayer e amigos irão reproduzir o arquivo mkv resultante sem problemas em um sistema Ubuntu bem configurado ...
Se, no entanto, você estiver realmente interessado em obter o vídeo de melhor qualidade e o áudio de melhor qualidade, somente em um contêiner mp4 (ignorando o aviso mkv e a saída subsequente do contêiner Matrosk de youtube-dl ) você pode usar algo como o seguinte:
youtube-dl -f 'bestvideo[ext=mp4]+bestaudio[ext=m4a]' URL
Obviamente, substituindo o valor 'URL' pelo endereço do vídeo do youtube que você deseja baixar. Uma linha de comando relativamente complexa pode ser colocada permanentemente no arquivo de configuração ~/.config/youtube-dl/config da seguinte forma:
-f 'bestvideo[ext=mp4]+bestaudio[ext=m4a]'
Dessa forma, agora é o padrão para youtube-dl e não precisa ser fornecido na linha de comando a cada vez. Muitas, muitas variações desta linha de comando são possíveis ...
Referências: