Você está correto. NTFS é o culpado. O Ubuntu irá montar a partição NTFS como root, mas com todas as permissões como 777 para arquivos e 755 para diretórios.
Como mencionado, você deve ser capaz de especificar o proprietário com o comando mount:
sudo mount -o uid='id -u user' /dev/sdX /mount/somedir