O tutorial de HTML5 está desatualizado devido a alterações de código no SDK PPA. Sinto muito pela confusão. Por exemplo, como você observou, no momento em que o tutorial foi escrito, havia dois tipos de projetos de aplicativo HTML5 que você poderia criar: um para aplicativos Cordova HTML5, um para aplicativos não Cordova HTML5 (chamado de "HTML5 Touch UI"). Existe agora apenas um único tipo de projeto de aplicativo HTML5 que suporta todas as funcionalidades. Outra mudança é que os aplicativos HTML5 não têm mais nem precisam de um arquivo qml, como você observou.
O suporte a aplicativos HTML5 está em rápido desenvolvimento agora, portanto, fique atento às novidades sobre aprimoramentos importantes da funcionalidade!