Eu finalmente encontrei a solução sozinho. Eu simplesmente tive que alterar as permissões dos diretórios /opt
e /opt/calibre
para que qualquer usuário possa acessá-los. Agora posso executar o calibre sem privilégios de root simplesmente escrevendo
calibre
e todos os arquivos e diretórios gerados pelo calibre são de propriedade do meu usuário.