Com relação aos serviços que estão definidos no SysV e no upstart, geralmente, se você reiniciá-lo através do SysV, você verá algo assim:
al@al-mythtv:~$ sudo /etc/init.d/mysql restart
[sudo] password for al:
Rather than invoking init scripts through /etc/init.d, use the service(8)
utility, e.g. service mysql restart
Since the script you are attempting to invoke has been converted to an
Upstart job, you may also use the stop(8) and then start(8) utilities,
e.g. stop mysql ; start mysql. The restart(8) utility is also available.
mysql stop/waiting
mysql start/running, process 29846
O que eu entendo isso é que o Upstart é o preferido para esses serviços, e a implementação do SysV é apenas um wrapper.
Além disso, acho que você tem o significado dos diretórios para trás. O / etc / init é uma configuração inicial, o /etc/init.d é a compatibilidade do SysV, mas é apenas um link simbólico para esse tipo de serviço.