Se você escreveu o aplicativo, pode colocar um tempo limite nas notificações:
notify-send -t 5000 "Title" "Details"
Se não, a única maneira que eu sei seria reiniciar o desktop gnome. Você pode fazê-lo pressionando Alt + F2, digite "r" e depois Enter. Mas se você quiser fazer isso via linha de comando:
killall -3 gnome-shell
Infelizmente, a opção kill gnome irá interferir se você quiser continuar usando os aplicativos durante a reinicialização do gnome-shell.