Resolvi sozinho
O segundo post aqui resolveu
Adicione a seguinte linha ao campo de comando em Startup Applications
/home/dani/Scripts/altgr_to_alt.sh
E aqui está o que o script parece se alguém está se perguntando
#!/bin/bash
echo "Changing keys..."
xmodmap -e "clear mod1"
xmodmap -e "keycode 108 = Alt_L Meta_L"
xmodmap -e "keycode 64 = ISO_Level3_Shift"
xmodmap -e "add mod1 = Alt_L Meta_L"
echo "Changed keys!"
echo
Você precisa torná-lo executável se quiser executá-lo na inicialização. Eu fiz isso com
chmod 755 altgr_to_alt.sh