Esta seção responde à pergunta geral sobre software na versão LTS e o que acontece depois da EOL. Isso se aplica à maioria dos softwares da versão.
12.04 LTS é uma versão de longo prazo suportada, por até 5 anos para servidor. Isso não significa que as versões específicas do software incluídas no 12.04 continuem a existir posteriormente em versões posteriores.
Após 12.04 chegar ao fim da vida útil, não há absolutamente nenhuma garantia de que as versões de qualquer software em 12.04 existam ou sejam suportadas em versões posteriores. É muito provável que o software que você irá querer já tenha sido a versão para versões posteriores, dependendo da versão no Debian no momento do lançamento posterior do Ubuntu.
Durante a vida útil do LTS, no entanto, as versões do software na versão LTS provavelmente permanecerão as mesmas, dadas as restrições para solavancos nas versões do Ubuntu.
Esta seção responde à pergunta original sobre o PHP 5.3 e se ela será suportada após 12.04 EOLs.
Contanto que 12.04 não seja End of Life, ele terá o PHP 5.3.
No entanto, como 12.10 (Quantal) e posterior, todos possuem PHP 5.4.x ou mais recente, e todo o resto depois disso, dependendo do que está no Debian e do que o PHP upstream lançou, após 12.04, não existe PHP 5.3 disponível nos repositórios, no entanto, pode estar disponível em um PPA. E isso provavelmente será cheio de bugs de segurança que não são corrigidos no tempo de 12.04 EOLs.
Se você estava com preguiça de ler tudo isso, a resposta para sua pergunta é: "Não, não há garantia de que o PHP 5.3 estará disponível após o 12.04's End of Life". É muito provável que até o momento 12.04 EOLs, nem mesmo o PHP upstream suportará 5.3.x mais, e podemos estar no PHP 5.5.x como stable e PHP 5.4.x como legacy.