Eu recomendo que você leia como funciona o processo de inicialização do EFI. Por exemplo, a minha página da Web sobre o tópico pode ajudar, e em particular os "Princípios de inicialização da EFI" e "Instalação do carregador de inicialização EFI".
Resumidamente, o EFI não torna as partições ou discos inicializáveis. Em vez disso, a EFI armazena uma lista de arquivos do carregador de inicialização em sua NVRAM. Qualquer Partição do Sistema EFI (ESP; o tipo de partição que contém os carregadores de inicialização) pode conter vários carregadores de inicialização e um computador pode ter vários ESPs. Se a partição na qual um arquivo reside for excluída ou se o arquivo ao qual a entrada NVRAM faz referência for excluído, essa entrada será inútil. Ele pode permanecer na NVRAM e ser ignorado ou o firmware pode tentar limpar sua NVRAM e remover a entrada. De qualquer forma, torna-se inútil. Se o gerenciador de partida foi inútil (digamos, se foi para uma instalação do Windows que você apagou), então não há nenhum dano nisso. Se você excluir um carregador de inicialização (ou sua partição pai) que estava em uso, você danificará a capacidade do computador de inicializar.
Aliás, há pouca vantagem em colocar um ESP em um SSD. O ESP é lido uma vez durante a inicialização e os arquivos nele contidos normalmente são bem pequenos. Ele também será acessado em raras ocasiões quando o seu gerenciador de partida for atualizado. Assim, os benefícios de desempenho de colocar seu ESP em um SSD serão mínimos - você provavelmente irá economizar uma fração de segundo do tempo de inicialização.