Você pode fazer algumas instalações completas para separar as partições no pendrive com vários o / s e cada uma delas reterá as modificações.
Se você quiser fazer algumas instâncias persistentes, (Frugal), o mecanismo de persistência precisa ser diferente, como com o Ubuntu, o Puppy, o Debian, etc.
Não tente compartilhar um arquivo casper-rw entre diferentes 'buntus', as coisas vão ficar muito complicadas.
Sugerir apenas incluir a palavra "persistente" no menuentry do único 'buntu no grub.cfg que você deseja persistente.
Deixe-me saber se você precisa de esclarecimentos.
Sugiro não tentar fazer uma atualização de software com uma instalação persistente, quando você preencher o casper-rw a unidade não inicializará. Além disso, você não pode atualizar o kernel de uma instalação persistente.
Eu uso o script MultiBootUSB para inicializar vários iso's o / s em USB usando o grub2. Eu tive Ubuntu e Puppy trabalhando persistentemente. Não teve sorte com a persistência do Debian.