Embora eu nunca tenha encontrado nenhuma documentação discutindo isso, minhas experiências pessoais mostraram que o Wine atribui letras diferentes a cada prefixo, o que eu acho que faz sentido porque quando você instala várias versões do Windows de verdade, há certas circunstâncias que podem resultar em cada instalação tendo uma letra diferente em vez de usar C:\ (ex: o uso de partições lógicas), mas ainda assim é muito estranho.
Os comandos curtos para o Wine parecem funcionar apenas para o prefixo padrão porque o comando assume o uso de C:\ . Quando você instala o wine, ele cria um prefixo e o atribui como C:\ . Os prefixos adicionais que você fizer podem ter drives de letras diferentes. Você precisará descobrir qual carta dirigir seu segundo prefixo está usando. Muito provavelmente D:\ .
Uma maneira de ter certeza seria copiar cmd.exe do Windows (Não o Wine cmd.exe não funciona) para o prefixo e iniciá-lo. Ele está localizado em C:\Windows\System32\cmd.exe e lerá algo como D:\Users\Username .
Exemplo de comando de vinhos para o lançamento do 7-zip:
wine start 'C:\Program Files-zipzFM.exe'
Lembre-se de que se o software instalado no prefixo Wine estiver configurado para C:\ setup, mas estiver sendo executado a partir de um prefixo D:\ configurado, ele não será executado a menos que seja um programa simples que não precisa procurar por outros arquivos ou que usa %SYSTEMDRIVE% ou uma variante ao pesquisar, em vez de D:\ . O vinho realmente precisa fornecer uma explicação mais detalhada do recurso de multi-prefixo, porque claramente algumas coisas estranhas acontecem.