Você deve remover o arquivo /etc/xdg/autostart/nautilus-autostart.desktop (ou pelo menos modificar a linha OnlyShowIn ).
Em seguida, você deve sempre executar nautilus com a opção --no-desktop (isso também pode exigir a modificação de algum item de menu ou lista rápida).
Você pode gerenciar a área de trabalho com o nautilus novamente a qualquer momento, ativando o nautilus sem a opção --no-desktop .
Para gerenciar a área de trabalho de uma maneira alternativa, você pode procurar em outro gerenciador de arquivos.