Eu recomendaria a formatação da unidade de 3 TB em NTFS. Desta forma, você será capaz de vê-lo no Ubuntu e no Windows, sem a necessidade de quaisquer outras etapas. Se você não pode fazer isso, então a próxima melhor coisa seria re-particionar sua unidade de 3 TB para algo menor. Como 2TB. Em seguida, formate o 2TB com o NTFS (usando um aplicativo como o gparted). Como o NTFS é compatível com ambos os sistemas operacionais, você não terá problemas para compartilhar entre os dois sistemas.
Para compartilhar opções com o Samba eu convido você a ler: Aqui está o meu arquivo smb.conf. O que há de errado com isso?