1) Você deve ser capaz de ajustar a qualidade da imagem adicionando opção de densidade ao comando converter como neste Nautilus Script que converte o arquivo PDF selecionado em arquivo (s) JPG 300dpi
convert -density 300 "" "${1%\.pdf}.jpg"
2) Você também pode abrir um arquivo PDF com o Editor de imagens do GIMP (tratando cada página como uma Camada ou Imagem ) que parece use as configurações do arquivo PDF como padrão, além de permitir que o usuário ajuste a configuração de qualidade da imagem no início. Em seguida, você pode exportar para qualquer outro formato de imagem.