Eu tive esse problema antes. Para resolvê-lo eu removi .juju/environments/azure.jenv e bootstrapped novamente e funcionou. Sua milhagem pode variar, no entanto. Além disso, tive que adicionar --upload-tools para o comando bootstrap.
edit : isso foi então, mas agora não consigo replicar meu sucesso anterior, estou recebendo um erro diferente, descrito em juju bootstrap falha no Azure (BadRequest - O nome do grupo de afinidades está vazio ou não foi especificado .) . Então, não posso prometer que isso resolverá seu problema.