Eu verificaria a exportação do R em SVG (o PDF funcionará, mas o SVG será mais fácil de usar, baseado em texto) e, em seguida, será executado no Inkscape.
Inkscape? Uma aplicação gráfica, Oli? Você está com raiva?
Na verdade O Inkscape pode ser executado a partir da linha de comando para realizar operações em lote. Eu uso assim em um servidor (chamado de Python) para gerar certificados PDF para um cliente meu. Aqui está a sua página de manual .
É mais confortável com o SVG. Se sua entrada for um SVG, você pode definir a vácuo e exportar como PDF em um movimento rápido.