Sugiro remover qualquer configuração que você tenha feito e começar de novo. Abaixo procedimento fará isso. Você não perderá nenhum arquivo pessoal, mas perderá qualquer configuração que tenha feito. (mesmo o layout do teclado, se houver)
Abra um terminal (CTRL + ALT + T) e emita os seguintes comandos
gconftool --shutdown
sudo killall -r -I gconf
sudo killall -r -I dconf
rm -rf .compiz* .gconf* .config/dconf/ .config/compiz*
Reinicie o seu PC.
Use uma ferramenta como Unity Tweak Tool
e tente definir a transparência do Iniciador. Não use ccsm
, pois ele pode destruir seu ambiente de área de trabalho (um pouco arriscado).