Sim, o Ubuntu só instala atualizações para coisas instaladas no seu sistema. Mas se você não confia no que o Ubuntu está lhe dizendo, por que confiar em mim? Se você quiser evidências, instale o Ubuntu uma vez apenas com os pacotes padrão, e novamente com cada pacote instalado. Você deve ser capaz de fazer uma série de comparações que saciarão sua sede por dados empíricos.
OUbuntu por padrão inclui toneladas de drivers para coisas que não estão atualmente conectadas ao seu sistema. O caso extremamente comum é que agora eu não tenho o dispositivo X conectado ao meu computador, mas eu poderia fazer isso mais tarde, e ficarei chateado se o Ubuntu não funcionar mesmo que pudesse, especialmente ao custo de alguns kilobytes ou megas. (e para mais pessoas do que você imagina, fazer o download de drivers sob demanda é impossível. precisamos de um sistema em funcionamento o tempo todo, não apenas quando conectado à internet)
O Ubuntu não é uma boa distro se você quiser um controle extremamente refinado sobre tudo. Você pode estar melhor com o LFS , o slackware , ou arch linux