Esse é exatamente o comportamento esperado do modo "seamless" , no qual só queremos exibir as janelas do aplicativo de um sistema operacional convidado na área de trabalho do host:
Com o recurso "janelas contínuas" do VirtualBox, você pode fazer com que as janelas exibidas em uma máquina virtual sejam exibidas lado a lado ao lado das janelas do seu host. Manual da Caixa Virtual
Não devemos executar o modo contínuo para um convidado do Ubuntu / Unity onde o menu do aplicativo esteja integrado na barra superior (padrão Unity) e não seja acessível no modo contínuo.
Para ter acesso ao menu do aplicativo do modo transparente com o Unity no convidado, podemos remover os pacotes responsáveis pelo menu global:
sudo apt-get remove appmenu-*
sudo apt-get remove firefox-globalmenu # for Firefox