Parece que esse problema é causado pelo XFWM e pelo Compositor. Isso pode ser corrigido ativando o compositor para XFWM:
Settings -> Settings Manager -> Window Manager Tweaks -> Compositor -> Enable Display Compositing
As configurações padrão estão ativadas e apenas ativadas. Então mude sua configuração para conky para isto:
own_window yes
own_window_type desktop
own_window_transparent yes
own_window_argb_visual yes
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
Agora está funcionando 100% para mim no XFCE.