Com algumas horas de Pesquisa do Google, tentei corrigir o problema sozinho. Eu redefinir o sistema completo para a configuração padrão. No sistema em branco, parece não haver nenhum arquivo de configuração de monitores.xml. Depois disso, encontrei um bom tutorial sobre como criar um arquivo monitors.xml: link
Primeiro eu criei um arquivo xml vazio. Após a reinicialização, tudo ainda estava funcionando, então comecei a adicionar a configuração passo a passo com a reinicialização após cada nova configuração.
Enquanto isso, todas as configurações são armazenadas no arquivo xml e o sistema está funcionando.