Não, nenhuma das ferramentas da GUI pode fazer isso. O particionamento funciona perfeitamente com essas ferramentas, além do trabalho de formatação padrão, mas para opções realmente avançadas, você só tem as ferramentas de linha de comando.
O padrão no Linux é mk2fs para construir (formatar) sistemas de arquivos ext2 / 3/4. A quantidade de opções é muito grande, incluindo opções para blocos (AUS), journalling, inodesize, presets, superblocos, trim / discard etc. etc.
Use o comando mkntfs para construir (formatar) o sistema de arquivos NTFS.
Mais uma vez, muitas opções são possíveis aqui.
Digite man mkntfs para uma explicação de como usá-lo.