As duas instalações são muito diferentes.
O wubi é uma instalação completa e instala o Ubuntu em um arquivo que é montado na inicialização. Sim, uma atualização substitui arquivos e o arquivo pode ficar cheio.
Veja o link
A inicialização do iso com persistência é muito diferente. O iso contém um sistema de arquivos ro (squasfs) que é montado. Quando você usa persistência, um arquivo de vaca (cópia em gravação) é feito. Quando você atualiza, os arquivos antigos NÃO são gravados, eles são copiados para o sistema de arquivos cow e, em seguida, atualizados. Os arquivos da vaca são sobrepostos nos arquivos ro. Então, sim, ocupa mais espaço.
A persistência do IMO é melhor para manter as personalizações e os dados no seu diretório inicial. As atualizações do sistema ou a instalação de pacotes criam arquivos grandes e tendem a ser propensos a erros.