Você pode criar uma pasta usando o sudo e depois alterar o proprietário para o usuário. Na linha de comando:
cd /
sudo mkdir mendeley
sudo chown myuser:myuser mendeley
Substitua myuser pelo nome de usuário. Isso deve criar a pasta /mendeley , que pertence ao seu usuário atual e que você pode usar. Todos os subdiretórios ou arquivos desse diretório pertencerão a esse usuário, mas deverão permanecer descriptografados. Talvez um nome de pasta melhor seja unencrypted e adicione um subdiretório /unencrypted/mendeley lá.