Se você não planeja compartilhar esta unidade com o Windows, então ext4 será a melhor opção.
Mas, caso você tenha planos de inicialização dupla com o Windows, é melhor formatar a unidade como ntfs , pois isso é acessível tanto para o Ubuntu quanto para o Windows. Mas, esteja ciente de que as permissões de arquivo podem não funcionar corretamente em um sistema de arquivos ntfs .