As configurações dependem de qual cliente FTP você está usando. Além disso, até certo ponto, o servidor FTP ao qual você está se conectando.
Normalmente, a partir da linha de comando do ftp, você pode
- defina sua umask para a sessão ou
- altere as permissões nos arquivos / diretórios que você possui.
Se você quiser ter certeza de que o site vê seus arquivos, verifique se eles são legíveis para o WORLD (e os diretórios têm o conjunto de bits RX).