Qualquer coisa, arquivos ou diretórios, colocados em /etc/skel/
, serão copiados para um novo diretório inicial de usuários.
Você colocaria as coisas lá, como um arquivo .bashrc personalizado. Alternativamente, você faria uma configuração do sistema, depende do que você está querendo fazer exatamente. Por exemplo, as configurações do ssh estariam em /etc/ssh/sshd_config
(servidor) ou /etc/ssh/ssh_config
(cliente)