Apenas use o rsync, é extremamente poderoso, muito genérico e não tão difícil de usar.
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Seu cenário de backup:
rsync -avz /home/myfolder/* 192.168.40.1:/remote/backup/myfolder/*
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Mantendo as pastas sincronizadas (removendo coisas desnecessárias do destino)
rsync -avz --delete /home/keepsynced 192.168.40.1:/remote/backup/keepsynced
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Da pasta para o usb:
Assim como o primeiro, basta alterar o IP para um caminho local. O Rsync sobrescreverá arquivos no terminal remoto, se existirem.
Se você quiser pular a inserção de uma senha toda vez que estiver sincronizando com seu host de backup de rede. Basta seguir esta instrução