ldapdelete é remover entradas, você precisa usar ldapmodify para excluir atributos.
Este comando deve remover attribute1 e attribute2 da entrada username :
$ ldapmodify -D "uid=..." -w ... -h ... <<%EOF%
dn: uid=username,ou=Non-Enterprise,ou=People,dc=foo,dc=com
changetype: modify
delete: attribute1
-
delete: attribute2
%EOF%