locate
não usa o sistema de arquivos diretamente, ele usa um banco de dados que é atualizado periodicamente por um processo em segundo plano:
locate lê um ou mais bancos de dados preparados pelo updatedb (8) e grava nomes de arquivos correspondentes a pelo menos um dos PADRÕES à saída padrão, um por linha. ...
Por padrão, o locate não verifica se os arquivos encontrados no banco de dados ainda existem. localizar nunca pode relatar arquivos criados após a atualização mais recente do banco de dados relevante.
Então eu acho que isso é um artefato do estado real do sistema de arquivos e o que locate
acha do sistema de arquivos estar fora de sincronia.
Para pesquisar diretamente no sistema de arquivos, você pode usar o comando find
.