MySQL 5.5 - Perda de conexão com o servidor MySQL durante a consulta

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Eu tenho um servidor Ubuntu 12.04 LTS em execução em um hoster alemão (sistema virtualizado).

# uname -a 
Linux ... 3.2.0-27-generic #43-Ubuntu SMP Fri Jul 6 14:25:57 UTC 2012 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Eu quero migrar um sistema Web CMS, chamado Contao . Não é minha primeira migração, mas minha primeira migração tendo problemas de conexão com o mysql.

A migração foi bem-sucedida, eu tenho a mesma versão do Contao em execução (é mais ou menos apenas copiar / colar).

Para o banco de dados por trás, eu fiz:

apt-get install mysql-server phpmyadmin

Eu defini uma senha de root e adicionei um usuário para o CMS que tem direitos suficientes em seu próprio banco de dados (e apenas em seu banco de dados) para fazer as coisas que ele precisa fazer. A importação de dados via phpmyadmin funcionou bem.

Eu posso acessar o backend do CMS (que precisa lidar com o banco de dados já).

Se eu tentar acessar o frontend agora, recebo o seguinte erro:

Fatal error: Uncaught exception Exception with message Query error: 
Lost connection to MySQL server during query (<query statement here, nothing special, just a select>) thrown in /var/www/system/libraries/Database.php on line 686

(lembre-se: eu posso acessar o mysql com o phpmyadmin e através do backend, trabalhando como um charme, é apenas a chamada do frontend causando erros).

Se eu enviar spam para a F5 no meu navegador, às vezes posso até matar o mysql deamon.

Se eu correr

# mysqld --log-warnings=2

Eu entendo isso:

...
120921  7:57:31 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.24-0ubuntu0.12.04.1'  socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock'  port: 3306  (Ubuntu)
05:57:37 UTC - mysqld got signal 4 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
We will try our best to scrape up some info that will hopefully help
diagnose the problem, but since we have already crashed,
something is definitely wrong and this may fail.

key_buffer_size=16777216
read_buffer_size=131072
max_used_connections=1
max_threads=151
thread_count=1
connection_count=1
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 346679 K  bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.

Thread pointer: 0x7f1485db3b20
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 7f1480041e60 thread_stack 0x30000
mysqld(my_print_stacktrace+0x29)[0x7f1483b96459]
mysqld(handle_fatal_signal+0x483)[0x7f1483a5c1d3]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0)[0x7f1482797cb0]
/lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6(+0x42e11)[0x7f14821cae11]
mysqld(_ZN10SQL_SELECT17test_quick_selectEP3THD6BitmapILj64EEyyb+0x1368)[0x7f1483b26cb8]
mysqld(+0x33116a)[0x7f148397916a]
mysqld(_ZN4JOIN8optimizeEv+0x558)[0x7f148397d3e8]
mysqld(_Z12mysql_selectP3THDPPP4ItemP10TABLE_LISTjR4ListIS1_ES2_jP8st_orderSB_S2_SB_yP13select_resultP18st_select_lex_unitP13st_select_lex+0xdd)[0x7f148397fd7d]
mysqld(_Z13handle_selectP3THDP3LEXP13select_resultm+0x17c)[0x7f1483985d2c]
mysqld(+0x2f4524)[0x7f148393c524]
mysqld(_Z21mysql_execute_commandP3THD+0x293e)[0x7f14839451de]
mysqld(_Z11mysql_parseP3THDPcjP12Parser_state+0x10f)[0x7f1483948bef]
mysqld(_Z16dispatch_command19enum_server_commandP3THDPcj+0x1365)[0x7f148394a025]
mysqld(_Z24do_handle_one_connectionP3THD+0x1bd)[0x7f14839ec7cd]
mysqld(handle_one_connection+0x50)[0x7f14839ec830]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x7e9a)[0x7f148278fe9a]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7f1481eba4bd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7f1464004b60): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 1
Status: NOT_KILLED

De /var/log/syslog :

Sep 21 07:17:01 s16477249 CRON[23855]: (root) CMD (   cd / && run-parts --report /etc/cron.hourly)
Sep 21 07:18:51 s16477249 kernel: [231923.349159] type=1400 audit(1348204731.333:70): apparmor="STATUS" operation="profile_replace" name="/usr/sbin/mysqld" pid=23946 comm="apparmor_parser"
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[23990]: Upgrading MySQL tables if necessary.
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[23993]: /usr/bin/mysql_upgrade: the '--basedir' option is always ignored
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[23993]: Looking for 'mysql' as: /usr/bin/mysql
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[23993]: Looking for 'mysqlcheck' as: /usr/bin/mysqlcheck
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[23993]: This installation of MySQL is already upgraded to 5.5.24, use --force if you still need to run mysql_upgrade
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[24004]: Checking for insecure root accounts.
Sep 21 07:18:53 s16477249 /etc/mysql/debian-start[24009]: Triggering myisam-recover for all MyISAM tables

Estou usando as tabelas MyISAM, nada com o InnoDB. Iniciar / parar o mysql é feito via

sudo service mysql start
sudo service mysql stop

Depois de usar o google um pouco, experimentei um pouco com os tempos limite, corrija o caminho do soquete no arquivo /etc/mysql/my.cnf , mas nada ajudou. Existem alguns bugs antigos (de 2008) do Gentoo, onde a recompilação apenas resolveu o problema. Eu já re-instalei o mysql via:

sudo apt-get remove mysql-server mysql-common
sudo apt-get autoremove
sudo apt-get install mysql-server

sem nenhum resultado.

Esta é a primeira vez que estou me deparando com esse problema, e não tenho muita experiência com esse tipo de 'administração' do mysql.

Então, principalmente, quero saber se alguém de vocês poderia me ajudar, por favor:)

É um bug do mysql? Alguma coisa está quebrada nos repositórios do Ubuntu? Esse é um daqueles misteriosos problemas 'use-tcp-connection-instead-of-socket-stuff-because-there-are-problems-on-virtualized-machines-with-sockets'? Ou eu estou completamente no caminho errado e eu apenas configurei algo errado? Lembre-se, o phpmyadmin e o acesso ao backend (que também usa o banco de dados) estão bem. Talvez algo com o Apache? O que posso fazer?

Qualquer ajuda é apreciada, por isso obrigado antecipadamente:)

Editar: Eu tentei usar o protocolo tcp em vez de um soquete local, como descrito aqui . Infelizmente, isso não mudou nada.

Alguma ideia de alguém de você?

    
por bully 21.09.2012 / 08:12

1 resposta

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Eu também tenho um servidor Ubuntu 12.04 LTS rodando em um sistema virtualizado fornecido por uma empresa de hospedagem alemã com preços competitivos.

Ontem (28 de setembro), notei que o disco I / O era muito lento. A execução de iotop mostrou que o mysqld é o mais provável culpado. A verificação de /var/log/syslog mostrou as mesmas mensagens que os seus arquivos de log repetiam a cada 2 minutos - indicando que o processo mysqld estava continuamente tentando ser recuperado.

Eu parei o serviço mysqqd usando sudo service mysql stop . No entanto, ps mostrou que eu ainda tinha outro processo mysqld em execução: um que eu tinha iniciado manualmente algumas semanas atrás com a opção - skip-grant-tables quando precisei redefinir a senha root mas eu tinha esquecido de parar o processo depois de ter redefinido a senha. Infelizmente, enquanto manualmente parando este processo, eu sofri minha primeira falha do kernel neste servidor, mas depois de reiniciar o servidor, o problema tinha se resolvido.

Tendo feito mais pesquisas, parece que é um problema do AppArmor. Como sou novo no Ubuntu Server, não sei muito sobre o AppArmor, mas esta questão parece ser relevante para a questão.

BTW, esta é minha primeira resposta em um site do StackExchange. Espero que seja útil e esteja em conformidade com a etiqueta da comunidade. Qualquer feedback será apreciado.

    
por Anthony Geoghegan 29.09.2012 / 03:58