Eu usei o alacarte para simular o que você fez e parece que ele salva o .desktop modificado em ~/.local/share/applications
.
Para desfazer as alterações feitas, basta acessar a pasta e excluir o inicializador do Chrome. Esta é uma versão local que é verificada antes do .desktop em todo o sistema, portanto, se você removê-lo, ainda terá como iniciar o Chrome. Se o ícone do Chrome no ativador parar de funcionar, basta removê-lo (clique com o botão esquerdo do mouse - > "Desbloquear do iniciador") e adicione-o novamente.
Além disso, você pode tentar inspecionar esse arquivo e ver o que está errado. Eu acho que você esqueceu um código de campo (veja aqui ) ou você não está escapando bem alguma coisa.
Boa sorte.