Por padrão, selecionar a opção "Criptografar meu diretório pessoal" no momento da instalação irá criptografar seu espaço de troca¹ também - pelo menos no Ubuntu 10.04 e mais recente (não sei quando isso foi implementado , então poderia ser mais cedo).
Tecnicamente, ele usa o programa ecryptfs-setup-swap
para fazer a criptografia de troca. Você pode usar esta ferramenta se quiser criptografar sua pós-instalação do espaço de troca.
¹: Isso se aplica tanto a partições de swap quanto a quaisquer arquivos de swap que você tenha configurado.