Se necessário, use um LiveCD e abra o Utilitário de Disco ou o GParted para remover ou reformatar partições. Você também deve poder fazer isso durante a instalação.
Suas opções de inicialização são provavelmente devido à inicialização dupla com o Windows. Certifique-se de ter atribuído a partição de inicialização para ser gerenciado pelo Windows ou ele irá ignorar um ou outro.
Preste atenção especial à parte sobre como configurar o gerenciador de inicialização.