Se você instalou um programa através do gerenciador de pacotes de sistemas (isto é, Software-Center, aptitude, apt-get, dpkg ...), você não deve usar este mecanismo interno de atualização de programas para atualizar este software isto não é desativado, como é feito, por exemplo, para o Firefox). Se houver uma nova versão, você tem cerca de três opções:
- espere por um pacote atualizado (que seria atualizado usando as próprias ferramentas de atualização do sistema - novamente, o atualizador, o Software-Center, o aptitude ...)
- remova o pacote e faça uma instalação manual a partir das fontes fornecidas pelo desenvolvedor
- faça uma instalação manual paralela
Nunca misture-os por exemplo substituir arquivos que o sistema (gerenciador de pacotes) mantém, a menos que você saiba exatamente o que está fazendo - caso contrário, você pode realmente bagunçar todo o sistema.
EDITAR:
Se houver uma "atualização urgente" disponível para algum software que você esteja usando (por exemplo, com correções de erros que afetam você ou o novo recurso que você precisa com urgência), você pode querer verificar com o comunidade: na maioria dos casos, há um PPA especial (arquivo de pacotes pessoais) disponível no Launchpad (veja: Perguntas marcadas como ppa + launchpad ), que você pode integrar com a configuração do seu gerenciador de pacotes, e então receber novas atualizações de lá - se elas não forem servidas através dos "repositórios oficiais".