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Sim, as alterações serão permanentes
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Não, você não precisa usar uma partição primária. Sim, você pode criar qualquer tipo de partição durante a instalação
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Isso não deve acontecer, se isso acontecer, isso é um bug no instalador. No entanto, se isso acontecer, você poderá sempre inicializar a partir do USB novamente e reinstalar o GRUB no disco rígido.