Os xbindkeys e xte pode ajudá-lo.
Por exemplo, meu arquivo .xbindkeysrc tem esta aparência:
# close the window under the mouse cursor
"xte 'mouseclick 1' && xte 'keydown Alt_L' 'key F4' 'keyup Alt_L'"
b:8+Release
# double click
"xte 'mouseclick 1' 'mouseclick 1'"
b:9