A página de manual para reboot
diz:
Quando chamado com --force ou quando no runlevel 0 ou 6, esta ferramenta invoca a chamada do sistema reboot (2) e reinicia diretamente o sistema. Caso contrário, isso simplesmente chama a ferramenta shutdown (8) os argumentos apropriados.
Portanto, na maioria dos casos, reboot
apenas chama shutdown -r
.