Se você selecionar o script como executável e desmarcar a opção "executar no terminal", o cuttlefish executará o script sem exibi-lo em um terminal
É claro que o script tem que ser executável (digite chmod u+x /path/to/your/script.sh
no seu terminal) e deve fornecer um shebang (a primeira linha do script deve ser algo como #!/bin/bash
).