Em vez de usar uma opção inicial, defina as regras no gerenciador de janelas. Eu não tenho certeza se você usa o Compiz, se sim, você pode definir as regras no Compiz usando o gerenciador de configurações do compiz (ccsm). Mais uma vez, como eu tenho apenas 10.04 e 12.04 por perto, posso apenas dar-lhe um guia aproximado.
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Abra o ccsm, ative o plug-in " Regras da janela " (em Gerenciamento de janelas ). Se você ainda não tem o ccsm instalado, você pode fazer isso digitando
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
As advertências habituais sobre a estabilidade do ccsm e problemas ao se intrometer nas configurações do Compiz se aplicam.
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No campo chamado "sticky", digite
class=Gkrellm
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Responda à segunda pergunta: copie o mesmo em "Ignorar barra de tarefas", "Ignorar pager", etc.
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Para iniciar automaticamente, inicie o gnome-session-properties e clique no botão "Adicionar" à direita. Adicione o nome (Gkrellm), o comando (gkrellm) e o comentário ("Quem criou o nome ridículo > > gkrellm <
EDIT: Acontece que o gkrellm realmente tem uma opção "sticky" e "pular barra de tarefas". Eles não funcionam corretamente no meu sistema 10.04 (mensagem de erro: Cannot open config file /home/nexus/.gkrellm2/user-config.new for writing.
), mas funciona sem problemas no 12.04. Em qualquer caso, a solução WM é aplicável a qualquer problema desse tipo.