Eu lembro de antigamente que eu costumava trabalhar com o MS Office no Windows que esse também costumava ser o caso do MS Word e do Notepad.
Então eu duvido que possa ser mudado como você queria, provavelmente porque está profundamente enraizado na lógica dos programas de processamento de texto.
No entanto, como uma solução alternativa , você pode clicar no ícone Numeração na Barra de ferramentas para desativar a numeração antes de copiar o texto e clicar novamente nela para ativá-la novamente, ou pressione Ctrl + Z para desfazer esta última ação.