Você precisa editar o Gemfile e adicionar a linha abaixo
gem "nokogiri"
para resolver as dependências
Fonte
Estou tentando instalar o plugin backlogs 0.9.9 para o redmine 2.1.2 no ubuntu 12.10.
Seguindo o Guia de instalação de atrasos
remine_install_path$ RAILS_ENV=production bundle exec rake db:migrate
rake aborted!
No such file to load -- nokogiri
/home/git/redmine/vendor/bundle/ruby/1.9.1/gems/acti...
[...]
No entanto nokogiri parece estar lá
$ gem list | grep nokogiri
nokogiri (1.5.5)
Estou fazendo algo errado?