Eu tive exatamente o mesmo problema, eu tenho um laptop HP DV4 i5 de 4Gb e recentemente instalei o Ubuntu e fiz todas as atualizações e atualizações necessárias para chegar à versão 13.04 que eu queria experimentar mais e instalei o Unity Tweak Tool, joguei com isso um pouco e quando eu pensei que tinha definido tudo de acordo com as minhas preferências, Dor veio ao meu cérebro !!! toda vez que eu queria minimizar uma janela o computador começava a rodar devagar e os fãs iam na velocidade máxima, eu só conseguia fechar as janelas pressionando constantemente ALT + F4, até forcei o laptop a desligar pressionando o botão liga / desliga e quando o laptop reafirmada A caixa de login nunca desapareceu e o papel de parede também não mudava, clique com o botão direito do mouse na mesa e o menu contextual não seria exibido. Enfim ...
Eu abri a Unity Tweak Tool novamente e comecei a experimentar os controles um a um e o BINGO !!! o problema está na seção SISTEMA, ÍCONES DE ÁREA DE TRABALHO e ÍCONES NO DESKTOP.
Por algum motivo, se você desativar os ícones, tudo fica inativo, então minha sugestão é reinstalar a ferramenta Unity Tweak Tool e ir para a opção ICONS ON DESKTOP, tudo deve voltar ao normal logo após você fazer isso.