O comportamento não parece certo para mim de qualquer maneira.
Para identificar o gargalo, você pode:
- instale o bootchart link (processo de inicialização)
- use o htop / iotop / vmstat para identificar o gargalo do desempenho do sistema
- verifique seu HDD e veja se ele tem problemas
- Desativar serviços desnecessários
- Pesquise e veja se você acertou qualquer bug do Ubuntu 12.10 (acho que todos os usuários do Ubuntu foram atingidos por bugs após cada atualização lol)
BTW: Por que o gedit? Sublime Text 2 (você não precisa se registrar) é legal; -)