Eu tive isso acontecendo comigo às vezes, e principalmente quando eu uso flash drives formatados em FAT.
Você pode copiar arquivos para ele usando o terminal, poderia estar relacionado a este bug ?
Na maioria das vezes que isso acontecia comigo, eu era capaz de resolvê-lo conectando-o a uma máquina Windows, e usando o checkdisk nele (ou o que quer que ele fosse chamado, não o usei por um tempo) .
Apenas percebi agora, eu nunca tentei usar o fsck do Ubuntu, e não tenho idéia do porquê.