Você pode ir para o menu:
Opções → Configurar → QuickBuild → Usuário e definir lá (no usuário) as ações que você deseja especificando o pipeline de comando.
Por exemplo, eu tenho o seguinte pipeline:
latex -interaction=nonstopmode %.tex | bibtex %.aux | bibtex %.aux | bibtex %.aux |
latex -interaction=nonstopmode %.tex | latex -interaction=nonstopmode %.tex |
dvipdf %.dvi | rm %.aux %.bbl %.blg %.dvi %.log %.out %.toc
Note que no final do pipe, eu removi arquivos especificando-os por sua extensão (.toc, .aux, etc)
Espero que ajude.