Ubuntu One FAQ deixa claro que você pode selecionar apenas as pastas em seu diretório pessoal para sincronizar.
Não, atualmente você só pode selecionar para sincronizar pastas dentro de seu diretório pessoal no Windows e no Ubuntu.
Você pode provavelmente experimentar o symlinking / criando uma junção no Windows para tentar colocar o conteúdo de pastas externas na pasta do Ubuntu One e tente sincronizá-la + .
+ note que ainda não tentei isso.