Esta mensagem é porque existe um processo anterior do Eclipse interrompendo a que você está tentando iniciar.
ps aux | grep eclipse
encontre o processo do eclipse que ainda está sendo executado. Eu matei os processos /usr/lib/eclipse/eclipse e /usr/bin/java . O número do processo é o número imediatamente adjacente ao seu nome de usuário. Então corra
kill -9 [process number]
(sem os parênteses). Isso deve ser feito!