Se você atualizar do CD / ISO, todo o seu software será removido, pois o recurso de atualização do CD é, na verdade, apenas uma reinstalação sem formatação. Seus arquivos serão mantidos intactos.
Se você atualizar usando o gerenciador de atualização, para uma versão beta, alfa, pré-alfa ou até mesmo normal, o software instalado localmente às vezes será determinado pelo sistema para não ser mais necessário e removido. Software (s) com dependências não atendidas na nova distribuição também podem ser removidos durante a atualização para uma versão beta, onde o repositório ainda está em constante mudança.