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Dê uma olhada em bup . É um software de backup baseado em git, que está em um estágio inicial, mas parece muito promissor e, da última vez que verifiquei, eles planejaram implementar um sistema de backup baseado em notificação de arquivos. Acho que é melhor verificar a lista de e-mails para saber o status atual. edit: Esqueci de mencionar, há um gui disponível, chamado Kup .
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Outra ferramenta possível é o inosync , que na verdade suporta backups em tempo real baseados em inotify em combinação com o rsync.